به اعتقاد جعفریان، سهمیههای کنکور موجب دشوارتر شدن رقابت برای داوطلبان فاقد سهمیه شده است. جانشین و مشاور عالی وزیر بهداشت با اعلام اینکه در برخی سالها بیش از ۶۰ درصد پذیرفتهشدگان رشته پزشکی از طریق سهمیه وارد دانشگاه شدهاند، بر لزوم اصلاح نظام سهمیههای کنکور تاکید کرد. البته به گفته جعفریان این امر، به کنکور امسال نمیرسد. علی جعفریان در گفتگو با ایسنا با اشاره به بررسیهای مشترک وزارت بهداشت و وزارت علوم درباره اصلاح سهمیههای کنکور، اظهار کرد در حال حاضر حدود ۲۷ تا بیش از ۳۰ نوع سهمیه در نظام پذیرش دانشجو وجود دارد و تقریباً همه مسئولان بر ضرورت بازنگری این نظام اتفاق نظر دارند. او با بیان اینکه در سالهای مسئولیتش مواردی با بیش از ۶۰ درصد پذیرش سهمیهای در رشته پزشکی مشاهده شده است، گفت: سهمیه هدایت آموزشی، سهمیه ۲۵ درصدی ایثارگران و سهمیه ۵ درصدی ایثارگران در مجموع بخش قابل توجهی از ظرفیت پذیرش پزشکی را به خود اختصاص میدهند. جعفریان تأکید کرد اصلاح سهمیهها به کنکور امسال نمیرسد، زیرا این پیشنهاد هنوز وارد فرآیند رسمی بررسی نشده و حتی در صورت صدور دستور نیز باید مراحل کارشناسی و تصویب در مراجع مربوط را طی کند. به گفته او، با گذشت زمان سهمیههای مختلفی به نظام پذیرش دانشجو اضافه شده و اگرچه هدف اولیه آنها برقراری عدالت بوده، اما اکنون در برخی موارد موجب دشوارتر شدن رقابت برای داوطلبان فاقد سهمیه شده است؛ موضوعی که ضرورت بازنگری در نظام سهمیهها را دوچندان کرده است.