محسن خلیلی ۱۶ سال قبل معتقد بود شکل رفتار علی دایی با او به قیمت از دست دادن تیم ملی برایش تمام شد. معاون کنونی باشگاه پرسپولیس تابستان سال ۱۳۸۹ و قبل از شروع دهمین دوره رقابتهای لیگ برتر با نظر علی دایی، سرمربی وقت این تیم از جمع سرخپوشان کنار گذاشته شد. محسن خلیلی ۳۱ تیر ۱۳۸۹ در واکنش به این ماجرا مصاحبهای با خبرورزشی انجام داد که زمان خودش سر و صدای زیادی راه انداخت: زلاتکو کرانچار شاید مربی خوبی بود اما زیاد به درد پرسپولیس نمیخورد چون اطلاعاتش از فوتبال ایران کم بود و نمیدانست چگونه با بازیکنان ایرانی ارتباط برقرار کند. اعتراف میکنم در جام حذفی با خوششانسی قهرمان شدیم و اگر آن قرعه ساده برای پرسپولیس رقم نمیخورد، شاید نمیتوانستیم جام را فتح کنیم. به علی دایی حق میدهم که به عنوان سرمربی بازیکنان فیکس خود را انتخاب کند اما هنوز هم میگویم که انتظار نداشتم هنگام تقابل با سپاهان و همچنین فینال جام حذفی دخیره شوم چون خیلی آماده بودم و تصمیم دایی مبنی بر قرار ندادنم در ترکیب اصلی به بهای از دست رفتن پیراهن تیم ملی برایم تمام شد. باشگاه پرسپولیس نهایت تلاش خود را برای ماندن من انجام داد اما علی دایی دوست نداشت در این تیم باشم. البته به سلایق او احترام میگذارم چون نگاهها متفاوت است. شاید اگر من الان مدیرعامل پرسپولیس بودم، دقیقا به خاطر سلیقه خاصی که دارم، علی دایی سرمربی این تیم نبود. ای کاش بلافاصله پس از پایان لیگ نهم و فینال جام حذفی من را کنار میگذاشتند تا تکلیفم برای لیگ دهم روشن میشد. حق محسن خلیلی نبود که اینگونه از پرسپولیس کنار گذاشته شود.
